四、物理学
崇祯年间，曾任兵部尚书的熊明遇著有《格致草》一书，此书别具特色：
“不但对于个别自然现象作了科学的研究与记录，而且更重要的是他有意从这些个别研究中寻找出通则与定理。因此他著作中有不少所谓的‘恒论’‘演说’。如卷一有‘原理恒论’‘原理演说’。”
熊明遇的儿子熊人霖，著有《悬象说》《地纬》和《函宇通》。
熊明遇对明末大思想家方以智的影响也非常大，方以智对自然科学和所谓西学的兴趣，即与熊明遇的启蒙有关。
方以智在物理学原理和规律探索方面有诸多创见。他从气一元论自然观出发，提出朴素的光波动学说，认为：
“气凝为形，发为光声，犹有未凝形之空气与之摩荡嘘吸。故形之用，止于其分，而光声之用，常溢于其余：气无空隙，互相转应也。”
（详见《物理小识》卷一）
方以智认为，光的产生是由于气受到激发的缘故。
由于气弥漫分布于所有空间，彼此间无任何空隙，被激发的气必然要与周围静止的气发生相互作用，“摩荡嘘吸”，将激发传递出去，这就形成了光的传播。
方以智所描述的是一种朴素的光波动学说。
为区别于近代光的电磁波动说，可称之为气光波动说。
从气光波动说的角度出发，方以智进一步提出了光不走直线的主张，他把它叫做“光肥影瘦”，认为光在传播过程中，要向几何光学的阴影范围内侵入，使有光区扩大，阴影区缩小。
他指出，由于光肥影瘦现象的存在，使得基于光线直进性质进行的测量得到的结果都不准确。
“物为形碍，其影易尽，声与光常溢于物之数，声不可见矣，光可见，测而测不准矣。”
（详见《物理小识》卷一）
为了证实自己的观点，他还做了小孔成像实验，并且努力用自己的理论去解释常见光学现象。
另外，他对于光的反射和折射和声音的发生、传播、反射、隔音效应，色散，以及炼焦、比重、磁效应等诸多问题的记述，都是很领先。
方以智还在《物理小识》卷一中正确地解释了蒙气差（即大气折射）现象。
他在卷二中提出：
“宙轮于宇，则宇中有宙，宙中有宇。”
宇宙之宙，意为时间，宇宙之宇，意为空间。
所以，方以智提出的是时间和空间不能彼此独立存在的时空观。
1637年，《天工开物》的作者宋应星在《论气·气声》中对声音的产生和传播作出了合乎科学的解释，他认为声音是由于物体振动或急速运动冲击空气而产生的，声音是通过空气来传播的，同水波相类似。
孙云球制造放大镜、显微镜等几十种光学仪器，并著《镜史》（已佚）。
……
但凡知道耶稣会传教士的剽窃行径、知道一些有关熊明遇、方以智、宋应星等明人的著作和事迹，都不会困惑于所谓的李约瑟难题，即李约瑟之问（《中国科学技术史》15卷）：
“尽管中国古代对人类科技发展做出了很多重要贡献，但为什么科学和工业革命没有在近代的中国发生？”
公知们经常拿这个来奚落嘲讽，以讹传讹，说华夏只有技术应用，没有技术理论。
是真的没有吗？还是被人别有用心地里应外合地篡改了、剽窃了？
满清治下，康熙、乾隆对科学的兴趣只限于个人玩乐，却不愿科学技术在民间传播。
五、植物学
朱橚（sù）（1361年-1425年），明太祖朱元璋第五子，明成祖朱棣的胞弟。洪武三年（1370年）封吴王，洪武十一年（1378年）改封为周王，十四年（1381年）就藩开封。洪武二十二年（1389年）冬，因擅自离开封地到凤阳秘密会见岳父冯胜而获罪，被太祖下令迁往云南。
洪武二十四年（1391年）底获准回到开封。此后三十余年间，组织编著有《保生余录》、《袖珍方》、《普济方》和《救荒本草》等作品，对我国西南边陲医药事业的发展做出了巨大的贡献。
朱橚利用自己身份地位，组织了一些专家学者，收集大量资料，并设立植物园进行野生植物观察实验。
1406年《救荒本草》问世，收集414种可供食用的野生植物资料，载明产地、形态、性味及其可食部分和食法，并绘有精细图谱。其中近2/3是第一次记载。
《救荒本草》是从传统本草学中分化出来的记载食用野生植物的专书，也是我国本草学从药物学向应用植物学发展的标志。
有学者认为近代植物化学领域中吸附分离法的应用，可能始于《救荒本草》。
《救荒本草》在海内外广泛流传，对于民众有重要意义，并得到近现代外国学者们的高度赞扬。李约瑟等认为，朱橚等人的工作是中国人在人道主义方面的一个很大贡献。
六、生物学
王夫之在《思问录·外篇》中提出了关于生物体的新陈代谢的观念：
“质日代而形如一……肌肉之日生而旧者消也，人所未知也。人见形之不变而不知其质之已迁……”
方以智在《物理小识》一书中，记述有大量动植物的生态学内容和栽培、管理等知识。他认为“脑主思维”，介绍了关于人体骨骼、肌肉等方面的知识。他自己对于传统医学也素有研究，撰有多种医学著作。
七、化工与冶炼
宋应星在《天工开物》记载了我国古代冶金技术的许多成就，如冶炼生铁和熟铁（低碳钢）的连续生产工艺，退火、正火、淬火、化学热处理等钢铁热处理工艺和固体渗碳工艺等，并把铅、铜、汞、硫等许多化学元素看作是基本的物质，而把与它们有关的反应所产生的物质看作是派生的物质，从而产生化学元素概念的萌芽。
宋应星曾任江西分宜县教谕、福建汀州府推官及亳州知州等官职。他是明末抛弃功名转向科技研究的科学家。他还有《论气》、《画音归正》、《春秋戎狄》等十几本著作。从这些著作中可以看出他朴素的哲学思想和文学造诣。英国李约瑟则称他是“中国的狄德罗”。
狄德罗是法国《百科全书》的作者与著名的哲学家，实际法国百科全书是抄袭永乐大典，昨日在文中已说过这个问题。
详见：消失的永乐大典正本：西方打死也不会说的一大崛起奥秘，一册3200万，永乐大典共有11095册，价值超过3550亿……
关于天工开物：
- 在世界上第一次记载炼锌方法；
- “物种发展变异理论”比德国卡弗·沃尔弗的“种源说”早一百多年；“动物杂交培育良种”比法国比尔慈比斯雅的理论早两百多年；
- 挖煤中的瓦斯排空、巷道支扶及化学变化的质量守恒规律等，也都比当时国外的科学先进许多。
- “骨灰蘸秧根”、“种性随水土而分”等研究成果，更是农业史上的重大突破。
明代炼钢技术在前朝的基础上有新的发展。嘉靖年间，发明了‘苏钢’冶炼法。
现代冶炼专家周志宏说：
“（苏钢冶炼法）在国外还没有类似发明，显然是一种创造性的发明……整个过程适合现代的冶金原理，不用坩埚而创造出一种淋铁氧化的方法而使渣铁分开，成为比较纯的工具钢。这是中国古代先进炼钢工人的智慧结晶’。
同时，还发明了生铁淋口法，运用生铁水淋灌工具刀口，使工具有钢的锋刃，也是明朝人民的独特创造。”
永乐通宝（1403-1424年）有的含锌量高达99%，欧洲到18世纪才开始冶炼锌。
方以智在《物理小识》卷7中记载了炼焦炭的方法，欧洲到西元1771年才开始炼焦。